Sau vài tháng ở Trung Quốc, Chōjun Miyagi trở về Naha nơi ông mở một võ đường. Ông dạy ở đó nhiều năm. Bên cạnh danh tiếng của mình, thành tựu lớn nhất của ông là sự phổ biến và hệ thống phương pháp giảng dạy karate. Nhận thấy sự dẫn dắt của ông trong việc phổ biến karate ở Nhật, hệ phái của ông, Goju-ryu, trở thành hệ phái đầu tiên được công nhận chính thức bởi Dai Nippon Butokukai. Ông đưa bộ môn karate vào ngành cảnh sát Okinawa, trường trung học và các ngành khác trong xã hội. Ông điều chỉnh và phát triển thêm bài quyền Sanchin - mang phong cách cương của Goju, và sáng tạo bài quyền Tensho – mang phong cách nhu. Những bài quyền này được cho là chứa điều căn bản của Goju-ryu. Bài quyền tối cao, Suparinpei, được cho là chứa toàn bộ tinh túy của Goju-ryu. Shisochin là bài quyền tâm đắc của Miyagi vào những năm cuối đời của ông. Bài Tensho chịu ảnh hưởng từ bài Ryokushu mà ông học hỏi từ người bạn lâu năm Gokenki. Với mục đích sáp nhập nhiều hệ phái karate đang thịnh hành thời điểm đó (xem Gichin Funakoshi cho các tác phẩm của ông ở Nhật Bản), ông cũng sáng tạo nhiều bài quyền tương tự Shurite như Gekisai Dai Ichi và Gekisai Dai Ni năm 1940, lấy những kĩ thuật từ bài cao hơn(đặc biệt là bài Suparinpei, và những đòn đỡ thượng đẳng ít dùng trong Goju-ryu thời điểm đó) và gộp chúng thành một bài ngắn hơn. Mọi người nói rằng ông tạo bài quyền này để lấp đầy khoảng trống của 2 bài Sanchin và Saifa với những thế phức tạp hơn so với bài Sanchin.